胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)由四个主要成分构成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内组装形成融合蛋白,随后在sgRNA的引导下与基因组DNA结合,使得靶序列暴露为单链结构。这时,胞嘧啶脱氨酶能够将单链上的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),而尿嘧啶在DNA复制或修复过程中最终被转化为胸腺嘧啶(T),实现了C-G碱基对向T-A碱基对的直接替换。
通过CBE过程中的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),研究人员开发了Detect-seq技术,用于CBE体外脱靶检测。该技术首先提取碱基编辑后的细胞基因组DNA,然后对CBE产生的dU进行生物素标记,以富集目标片段。同时在dU位点下游,将正常的胞嘧啶C替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),而后d5fC被化学转化为T。这种方法使得在测序过程中能够识别到大量串联的C-to-T突变,并快速定位碱基编辑位点。
Detect-seq技术相比于GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder而言,表现出更高的灵敏度和特异性,同时还具备无偏好性的检测能力。它不仅能够检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶效应,还能识别sgRNA结合区域的外编辑以及靶向链的编辑位点。
在过去两年中,尊龙凯时科技致力于打造一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖了靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(基于细胞的检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测、全基因组测序(WGS)脱靶检测等多项技术。尊龙凯时实验室具备SGS认证、ISO9001质量体系认证及生物安全二级实验室等资质,能够持续稳定地提供优质、高效和安全的服务及产品,满足客户在基因编辑领域的需求。